iBooks AuthorがなぜePub3フォーマットを出力しないのかという議論がウェブで賑わっていますが、簡単に言うとiBooks Authorはいわゆる電子書籍を作るものじゃないからと言うのが一番良い答えではないかと思います。ePub3の主眼は、印刷された書籍のレイアウトの自由度を電子書籍に持つ込むかです。日本語のルビ対応や縦書き対応というのも、印刷された書籍を再現するという次元の話です。インタラクティブなマルチメディア体験をePub3でもある程度は作れるみたいですが、まだまだの印象です。
一方、アップルが目指しているのは紙媒体に代わる電子書籍を作ろうというものではないと思います。紙媒体ではとうてい実現できないマルチメディアのアプリを、プログラミングすることなく作れるようにすることが目標だったのではないでしょうか。
既存の書籍に変わろうというのがePub3。デジタルの可能性を思いっきり広げようというのがiBooks Author。全く違う考え方です。
"— iBooks Authorは電子書籍ではなくブックアプリを作るソフト。だからePub3じゃない。 at バイオの買物.com 制作者の頭の中