ヨーグルトの乳酸菌の多くは、実は胃酸などで死んでしまう。それでも腸の中の乳酸菌と同じ種類のもののうち、いくらかは生きたまま腸に届き、比較的長い間そこで活躍してくれるものもいる。ビフィズス菌やアシドフィルス菌などの「定住菌種」と呼ばれるものだ。ヨーグルトのビフィズス菌は腸内ビフィズス菌と同じではないため、腸内には永住はできないが、ゆっくりと通過する間に酸を作り出し、酸性に弱い悪玉菌をおさえる。こうして、腸内ビフィズス菌などの善玉菌が活躍しやすいように手助けしてくれるのだ。